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Un coronavirus ou plutôt des coronavirus qui inquiètent

Un coronavirus ou plutôt des coronavirus qui inquiètent
Un nouveau virus mortel vient de faire son apparition en Chine. A ce jour, plus de 2 000 personnes ont été infectées depuis le mois de décembre et 80 en sont mortes. 3 cas ont été identifiés en France. Quel est donc ce virus, d'où provient-il et comment se transmet-il ? Le Muséum a mené son enquête...

Image d'illustration : rendu 3D du Coronavirus 2019-nCov vu au microscope. Crédit Adobe Stock/ Creativeneko


Mise à jour de la rédaction le 27 février 2020
La maladie causée par le coronavirus SARS-CoV-2, ex 2019-nCoV, s’appelle maintenant le Covid-19 (pour Coronavirus disease 2019). Ce virus a infecté au moins 80 000 personnes depuis sa détection en Chine à la mi-décembre et près de 2600 personnes en sont mortes. Le 25 février, c’est plus de 30 pays touchés, les plus récents étant la Corée du Sud, l’Iran et l’Italie. D’après l’OMS, le temps moyen d’incubation est de 5 jours, avec une fourchette entre 2 à 10 jours.  La transmission durant la phase d’incubation a été prouvée. Une étude exhaustive du Centre Chinois de Contrôle et de Prévention des Maladies, portant sur 72314 cas, est parue le 24 février 2020. Elle montre que la majorité des cas (81%) revêtent une forme « moyenne » (avec des symptômes proches de ceux de la grippe), 14 % une forme sévère (troubles respiratoires) et 5%, une forme critique (détresse respiratoire, 2087 cas dont la moitié est décédée). La prévention repose essentiellement sur l’évitement de sujets suspects ou confirmés, l’utilisation de mouchoirs jetables, le suivi de la température des sujets qui se sentent fébriles et le lavage de mains régulier. Le port de masque chirurgical de manière préventive n’est pas recommandé. Il doit être réservé au personnel médical et aux personnes malades.


 

Une famille de virus à ARN

On m’appelle coronavirus car lorsqu’on m’observe au microscope électronique, ce qui est indispensable car je mesure à peine 100 nm (10-7 m, soit mille fois moins qu’un cheveu !), l’enveloppe qui m’entoure fait des sortes de protubérances en forme de couronne.  Mon diminutif est CoV.

Figure 1 : virions icosaédriques au microscope électronique.
Crédit : Wikipedia/Centers for Disease Control and Prevention's public Helth Image LIbrary (PHIL)

 

Je suis un virus à ARN monocaténaire c’est-à-dire que mon génome est constitué d’une seule chaîne d’Acide Ribonucléique (ARN), comme le virus de la grippe, et non pas de deux chaines d’Acide DésoxyRiboNucléiques (ADN) comme le virus de la varicelle, par exemple. Cette propriété fait d’une part que je mute très facilement et d’autre part que je peux synthétiser les protéines nécessaires à ma réplication, c’est-à-dire à la fabrication de nouveaux virions, directement dans la cellule que j’infecte, sans passer par l’étape ADN.

 

Figure 2 : Les cellules de mammifères contiennent dans leur noyau un génome sous forme d’ADN double brin. L’étape de la transcription permet la synthèse d’un ARN simple brin qui sert de support, lors de la traduction, à la synthèse de protéines cellulaires.
Les coronavirus possèdent un génome sous forme d’ARN monocaténaire qui permet directement, lors de la traduction, la synthèse de protéines virales dans la cellule hôte infectée. Schéma Crédit Dominique Morello

 

Une variété de coronavirus

Dans la famille des coronavirus, nous sommes, à ce jour, 7 « souches » capables d’infecter les cellules humaines et toutes sortes d’animaux ; nous sommes tous différents mais nous partageons les mêmes protéines localisées à différents endroits, celles qui constituent les protubérances (S), l’enveloppe (E), la membrane (M) ou encore la nucléocapside (N) qui protège notre génome.

Parmi nos membres, le coronavirus du SRAS a beaucoup fait parler de lui en 2003 car il est à l’origine de la fameuse épidémie de SRAS ou Syndrome Respiratoire Aigu Sévère. Elle a démarré dans la province de Guandong, au sud de la Chine en novembre 2002 et s’est étendue à plus d’une trentaine de pays. Plus de 8000 personnes auraient été contaminées par le SRAS-CoV et près de 800 en seraient mortes, surtout en Chine et en Asie du Sud-Est. Le MERS-CoV ou coronavirus entrainant le Syndrome Respiratoire du Moyen-Orient a lui aussi été à la une en 2012. Le bilan de l’OMS établi 4 ans plus tard a révélé que 1700 personnes, essentiellement en Arabie Saoudite, auraient été contaminées et un peu moins de la moitié (618) en seraient mortes.

Il y a quelques semaines, en décembre 2019, une nouvelle forme de syndrome respiratoire, proche du SRAS, est apparue à Wuhan, à l’Est de la Chine (Canton). Le virus responsable de cette pathologie a été séquencé en à peine 3 semaines par une équipe chinoise (Zhu et al. 2020)1. Et, fait remarquable, les données ont été mises à disposition de l’ensemble des scientifiques très rapidement et ont permis de mettre au point un test spécifique de détection. Il s’avère que c’est un coronavirus mais différent de ceux connus jusqu’à présent. C’est le 7e et nouveau membre de la famille des coronavirus décrits qui infectent l’humain, ce qui lui vaut d’être nommé 2019-nCoV. Au 27 janvier 2020, plus de 2000 personne ont été infectées et 80 en sont mortes, toutes en Chine, mais des cas sporadiques d’infection sont décrits dans une douzaine de pays, y compris la France, l’Australie ou le Japon.

 

Transmission

Il est probable que les premières personnes infectées l’ont été au marché « dit de poissons » de Wuhan, où l’on trouve aussi oiseaux, serpents, lapins…Des animaux infectés auraient transmis le virus aux humains qui se seraient alors transmis la maladie entre eux.  Cette hypothèse est confirmée par une étude chinoise récemment publiée dans The Lancet portant sur les 41 premiers cas d’humains porteurs du 2019-nCoV, hospitalisés pour une pneumonie entre le 16 décembre 2019 et le 2 janvier 2020 (Huang et al. 2020)2. 27 d’entre eux (en majorité des hommes, de 49 ans en moyenne, et bien portants) se sont rendus au marché aux poissons de Wuhan. Tous avaient une pneumonie, la plupart de la fièvre, la moitié présentaient une gêne respiratoire, un peu moins de la moitié de la fatigue. A la différence des symptômes dus au virus SRAS, leur nez ne coulait pas, ils n’éternuaient pas et n’avaient pas de diarrhée. 6 en sont morts. Un second article, paru dans la même revue se penche sur la contamination d’humain à humain en étudiant une famille de 6 personnes (Chan et al.)3. Une seule, qui portait un masque chirurgical, n’a pas été infectée ; aucune n’était allée au marché de Wuhan. Il ressort de cet article qu’il y a bel et bien transmission entre humain et qu’une personne peut être contagieuse avant de présenter des symptômes, ce qui laisse supposer que les voyages peuvent contribuer à la propagation de la maladie d’une ville à l’autre.  Il parait de ce fait très important d’isoler les malades, retrouver les personnes avec lesquelles ils ont eu un contact -un traçage qui peut s’avérer très difficile- et mettre ces dernières en quarantaine afin d’éviter la propagation.

 

Hygiène et traitement

Même si les études du SRAS et du MERS et les quelques récents articles sur 2019-nCoV apportent des données précieuses, de très nombreuses questions sont encore sans réponse. Comment le virus va-t-il se propager ? les confinements sont-ils efficaces ? Y at-il des personnes naturellement résistantes ? Pour l’instant il parait clair que la contamination nécessite un contact prolongé avec une personne infectée (mais pas encore nécessairement malade). La durée d’incubation serait en moyenne de 12 jours. Comme pour toutes les maladies virales, les antibiotiques ne sont pas efficaces. Divers traitements ont été réalisés lors des infections au SRAS et au MERS, mais aucune étude sérieuse ne permet de valider leur efficacité. Des vaccins dirigés contre les protéines S et N sont à l’étude depuis plus d’une quinzaine d’années mais aucun n’est disponible actuellement. En absence de traitement efficace, les mesures pertinentes sont celles qui consistent à prévenir la propagation (isolement des malades, identification des personnes qui ont été en contact), port d’un masque et lavage régulier des mains qui semblent être une barrière efficace contre l’infection. Vu l’augmentation exponentielle du nombre de cas et de pays touchés, souhaitons que les prochains jours apportent de nouvelles réponses.

 

Références

1. Zhu, N., Zhang, D., Wang, W et al. N Engl J Med, 2020 A novel coronavirus from patients with pneumonia in China, 2019

2. Huang, C., Wang, Y., Li, X., et al.  Lancet. 2020 Jan 24. Clinical features of patients infected with novel coronavirus in Wuhan, China.

3. J. F.W. Chan, S. Yuan, K.H. Kok, et al. Lancet. 2020 Jan 24. A familial cluster of pneumonia associated with the novel 2019 coronavirus indicating person-to-person transmission : a study of a  familial cluster


Article rédigé le 27 janvier 2020 par Dominique Morello, Biologiste retraitée, CNRS.
Mis en ligne le 29 janvier.


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